Reprenant le principe du jeu d'arcade Qix, ou encore plus récemment de Pac-Xon, vous devrez dessiner des formes géométriques fermées, afin de couvrir plus de 60% de la surface du terrain de jeu et d'accéder au niveau suivant. Collectez les divers bonus, apparaissant aléatoirement, et évitez que les multiples ennemis entrent en contact avec vos tracés en cours sous peine de mort immédiate. Xonix 3D vous propose 50 niveaux ainsi que la possibilité d'enregistrer votre score.