Alors que Phinéas et Ferb peaufinaient leur dernière invention, des portails de téléportation, le professeur Doofenshmirtz va leur jouer un mauvais tour en dupliquant et modifiant les téléporteurs. Phinéas va ainsi se retrouver téléporté en plein cœur du laboratoire du docteur. A vous maintenant d'aider Ferb Fletcher à retrouver Phinéas Flynn ainsi que Perry l'ornithorynque à contrer les plans diaboliques du professeur.
