Aidez les Tortues Ninja à secourir April qui vient d'être enlevée par un fantôme aussi mystérieux que terrifiant. Après avoir choisi votre personnage (Mikey, Raph, Leo ou Donnie) puis votre arme (des shurikens ou un robot tortue), poursuivez le spectre le long du métro de New York et usez de toutes vos techniques de ninja pour déjouer vos ennemis. La furtivité et votre habileté à vous cacher dans les ombres seront les clés de votre réussite.
